רשות הניקוז הינה גוף סטטוטורי עצמאי שהקמתו נקבעה בחוק הניקוז וההגנה מפני שטפונות התשי"ח 1957, וחברים בה נציגי 29 הרשויות המקומיות הנכללות בתחומהּ ונציגי ממשלה.

בעקבות אירועי השטפונות שאירעו בחורף 1992-1991 והסבו נזקים כבדים, פרסם מבקר המדינה בשנת 1993 דו"ח ביקורת מיוחד אודות תשתיות הניקוז במדינה. בעקבות הדו"ח נקבע כי לצורך טיפול יעיל בנושא הניקוז יש לראות באגן ההיקוות כולו מיקשה אחת הדורשת טיפול. כן נקבע מעמדן העצמאי של רשויות הניקוז.